Había un lugar para llevar a cabo la fundación pero faltaban los fondos necesarios para garantizar la vida de las religiosas. Así pues, aunque la idea de fundar un monasterio de monjas había partido del cabildo, la dotación económica para llevar la empresa a cabo va a ser realizada por María Centurión, la hija del marqués, quien destinó los bienes que le correspondían de la herencia paterna y materna (unos 16.800 ducados) para hacer donación de ellos al convento, en diciembre de ese año, con el fin de que: “Sean empleados y situados en rentas perpetuas, an de serbir para la fábrica dél y para sustento y alimento de las religiosas que en él obiere”
El 13 de diciembre de 1598 el marqués de Estepa, D. Juan Bautista Centurión y su mujer, Dña. María Fernández de Córdoba, concertaban la escritura de fundación con el definidor perpetuo de la provincia de Andalucía de la Orden de San Francisco, fray Juan de San Luis, donde acuerdan que se comprometen
-a reedificar, acomodar y ampliar las casas que habían sido de Cosme Lezcaro para su uso conventual.
-a dar siete fanegas de trigo y cuarenta ducados por año y monja para sus sustento.
-a dotar de ajuar a las fundadoras y para el servicio de la iglesia.
-los marqueses de Estepa serían sus patronos, con derecho a enterramiento en su capilla mayor y prohibición de que lo hiciera cualquier otro en la iglesia.
-establecían las condiciones de entrada de las religiosas de linaje limpio.
-se reservaba el derecho de nombrar cuatro monjas que entraren sin dote alguna, que quedaba establecida en 700 ducados, además de la manutención hasta su profesión como religiosas.-el número de religiosas se fijaba en treinta como máximo.
Dotado el sitio por el testamento de Cosme de Lezcano y la edificación del monasterio por los marqueses, se hacía precisa la llegada de religiosas desde otros conventos para dar inicio a la vida en común.
El día 10 de enero de 1599 se procedió a la fundación solemne del monasterio. Tras una predicación en Santa María, se procedió a llevar en procesión el Santísimo de la iglesia mayor a la del convento, cerrándose la clausura donde quedaron sor Juana de la Magdalena, abadesa; sor Isabel de la Coronada, vicaria; sor Luisa de la Concepción, maestra de novicias; sor Juana de la Encarnación y Sor Mariana de Jesús, procedentes del monasterio de Santa María de Jesús de Sevilla (Clarisas de la primera regla). Inmediatamente tomó el hábito de Santa Clara Dña. María Centurión, hija del marqués, que tomó el nombre de María de Santa Clara.
La obra del convento, a pesar de las mandas que en su testamento le dejara la marquesa de Estepa, no fue a gran ritmo, pues la iglesia no se inauguró hasta el año 1621 y no podemos decir que la obra estuviera acabada hasta la entrega de los bienes de Catalina de Bailén al convento en 1677.
Fuente:
-Las órdenes religiosas en la Vicaría de Estepa (siglos XVI al XVIII). José María Miura Andrades. IV Jornadas sobre Historia de Estepa, 2000