Su fundador, Íñigo López de Loyola (1491-1556), era un noble vasco educado en los valores de la vida caballeresca. Habiendo sido herido gravemente en el sitio de Pamplona por los franceses (1521), decidió durante su recuperación, y tras leer la "Vida de Cristo", de Ludolfo de Sajonia, y la "Flos sanctorum", de Jacobo de Vorágine, hacer grandes cosas en servicio y gloria de Dios. En el monasterio de Montserrat, ante la imagen de la Virgen, cambió su espada y su indumentaria militar por el hábito de peregrino.
Antes de marchar a Jerusalén (1523) sufrió una transformación mística y comenzó a escribir los "Ejercicios espirituales", sin estar convencido aún del camino que tenía que tomar para servir a la Iglesia. A su vuelta de Tierra Santa estudió en Alcalá y Salamanca (1526-1527) y siendo objeto de sospecha por la Inquisición se trasladó a París en 1528, en cuya etapa se graduó en artes y formó un círculo reducido de amigos y compañeros (Laínez, Salmerón, Bobadilla, Francisco Javier, Rodríguez y Fabro) a quienes daba ejercicios espirituales. En 1534, reunido con aquellos compañeros en Montmartre, hizo voto de pobreza y castidad, de peregrinar a Jerusalén, de servir al Papa y de hacer apostolado por la salvación de todas las almas. La peregrinación no fue posible, pero Ignacio se dirigió a Roma con algunos de sus compañeros en 1538 (nov.). Allí fue procesado bajo sospecha de herejía. Absuelto, y en un clima favorable, decidió la fundación de la Compañía, para lo cual dirigió al papa Paulo III la "Formula Instituti" (1539), que contenía las ideas fundamentales del instituto, entre las cuales se incluía la importantísima novedad del cuarto voto, el de obediencia, sin excusa ni tergiversación, al Pontífice. La "Compañía de Jesús" fue confirmada el 27 de septiembre de 1540 en la bula “Regimini militantes Ecclesiae”. Su fin es "militar para Dios bajo la bandera de la. Cruz y servir sólo al Señor y al Papa, su vicario sobre la Tierra", con rigurosa obediencia a la voluntad de Dios, por la predicación, la enseñanza y la caridad. Las constituciones de la Compañía fueron redactadas en 1541 y sufrieron algunas modificaciones posteriores hasta 1558. Regulaban la selección, admisión (los novicios eran sometidos a varios años de prueba antes de tomar los votos y de ser ordenados) y estudios (filosofía y teología) de los miembros y el gobierno de la Compañía. La constitución de la orden es monárquica. El prepósito general es elegido de por vida por la congregación general (órgano legislativo supremo) y posee poderes casi ilimitados de gobierno.
Desde su fundación, la Compañía se propagó rápidamente por España, Portugal e Italia e intentó fortalecer el catolicismo en la misma Alemania, donde se fundaron colegios (Viena, Ingolstadt, Munich y Tréveris) e incluso se organizó una universidad (Dillingen, 1563). Desde 1549 había jesuitas trabajando en la India con el apoyo de la Monarquía portuguesa, y con la misma confianza pasaron a Brasil (1553), China (1555) y Macao (1562). En cambio, los progresos fueron menores en Francia y en los Países Bajos. Destaca la labor de San Francisco Javier y San Francisco de Borja. Los primeros decenios se caracterizaron por la acción personal de sus miembros mediante el apostolado y la predicación. Después, maduró la organización prevista en las constituciones y se fundaron casas profesas, colegios y residencias en todo Occidente. Justamente, la fundación de colegios, primero para formación de aspirantes a ingresar en la orden, y a partir de 1550 también para alumnos externos con el derecho a conferir grados académicos, consagró a la Compañía de Jesús como la primera gran institución educadora de la Iglesia en los tiempos modernos. El combate de la Iglesia contra los protestantes y el proselitismo y la recuperación del catolicismo en los territorios centroeuropeos se hicieron gracias a la militancia activa y directa de la Compañía de Jesús, el gran instrumento, junto con las decisiones tomadas en el Concilio de Trento, para reformar la Iglesia católica.
Los gobiernos ilustrados de la Europa del siglo XVIII se propusieron acabar con la Compañía de Jesús por su defensa incondicional del Papado, su actividad intelectual, su poder financiero y su influjo político. Ciertamente se habían ganado poderosos enemigos: los partidarios del absolutismo, los filósofos franceses y los gobiernos liberales. Portugal (1759), Francia (1763) y España (1767) decretaron la disolución de la orden en sus dominios. En 1773 el Papa Clemente XIV suprimió a los jesuitas, refugiándose muchos de ellos en Rusia donde Catalina la Grande impidió la necesaria publicación del decreto pontificio.
En 1814, el Papa Pío VII restauró la Compañía en todo el mundo. En 1816, los jesuitas regresaron a España y recuperaron entre otras casas la de Loyola. La Compañía continuó su expansión durante todo el siglo XIX incluso en España, a pesar de que los gobiernos liberales la expulsaron de ella otras cinco veces. Ya en el siglo XX, en 1932, la Compañía fue disuelta en España por el gobierno de la Segunda República, que declaró inconstitucional el voto de especial obediencia al Papa que hacen los jesuitas. La derogación de este decreto se produjo en 1938 durante la Guerra Civil española.
La Compañía de Jesús cuenta en la actualidad con cerca de 18.000 miembros (sacerdotes, estudiantes y hermanos), siendo la orden religiosa masculina católica más numerosa. La compañía trabaja en la acción social, la educación, el ámbito intelectual, el servicio a parroquias y comunidades cristianas y en medios de comunicación. Se encuentra presente en 127 países.
La Educación es asumida por la Compañía de Jesús como una participación en la misión evangelizadora de la Iglesia. Por eso sus Centros ofrecen a la sociedad, según su propio criterio, una clara inspiración cristiana y un modelo de educación liberadora y humana. Los jesuitas tienen instituciones en todos los niveles educativos: universidades, colegios, centros de formación profesional o redes educativas.