Primera Orden: La existencia de la primera orden o Frailes menores data propiamente de 1209, en cuyo año San Francisco de Asís obtuvo de Inocencio III una aprobación no escrita de la regla sencilla que elaboró como guía para sus primeros acompañantes. Esta regla no ha llegado a nosotros en su forma original; fue posteriormente reescrita por el santo y solemnemente confirmado por Honorio III, el 29 de noviembre de 1223. Esta segunda regla, como se le conoce usualmente, de los Frailes Menores es la que actualmente se profesa a toda la Primera orden de San Francisco.
La primera orden, comprende ahora tres cuerpos separados, llamados:
-Los Franciscanos observantes (O.F.M.) propiamente dichos, o tallo madre, fundado como se ha dicho, en 1209. Alcanzan los 17.000 miembros-Los Franciscanos capuchinos (O.F.M.Cap.) constituidos como independientes en 1517. Alcanzan los 12.000 miembros.
-Los franciscanos conventuales (O.F.M.Conv.), constituidos como independientes en 1619. Fueron más tarde reformados y algunos religiosos se cambiaron a la rama de los Frailes de la Inmaculada. Alcanzan los 5.000 miembros.
Todas las tres órdenes profesan la regla de los Frailes Menores aprobada por Honorio III en 1223, pero cada una tiene sus constituciones particulares y su propio ministro general.
Segunda Orden: Se puede decir que la fundación de las Hermanas Clarisas o segunda orden fue en 1212. En ese año Santa Clara, quien había suplicado a San Francisco que le permitiera abrazar la nueva forma de vida que él había instituido, fue establecida por él en San Damián cerca de Asís, junto con otras pías doncellas que se habían unido a ella. La regla impuesta sobre las Hermanas Pobres en San Damián alrededor de 1219 por el Cardenal Ugolino, después Gregorio IX, fue reafirmado por Santa Clara hacia el fin de su vida, con asistencia del Cardenal Rinaldo, después Alejandro IV, y en esta forma revisada fue aprobada por Inocencio IV, el 9 de agosto de 1253. En 1538 se independizaron las Clarisas capuchinas. La orden cuenta con cerca de 20.000 clarisas descalzas y 2.500 capuchinas. Las Hermanas de la Anunciación y los Conceptualistas son en cierto sentido ramificaciones de la segunda orden.
Tercera Orden: La tradición asigna a 1221 como la fecha en que se fundó los Hermanos y Hermanas de Penitencia, ahora conocidos como terciarios. Esta tercera orden fue ideada por San Francisco como un tipo de estado intermedio entre el claustro y el mundo para aquellos que, deseando seguir los pasos del santo, estuvieran impedidos, por matrimonio u otros compromisos, de entrar ya sea a la primera o a la segunda orden. La regla fue aprobada por Nicolás IV, el 18 de agosto de 1289; y modificada por León XIII el 30 de mayo de 1883.
