Una de las maravillas que guardaba la Iglesia de la Victoria era su coro, realizada en la segunda mitad del siglo XVIII bajo el mecenazgo del P. Fr. José Sánchez Manzano. Se componía de un órgano corriente con 4 registros que ocuparía un lugar central. A su derecha e izquierda nos encontraríamos con una sillería con 22 sillones y un facistol de nogal. En el coro habría 2 puertas que se “miraban”, una frente a otra, una que entra en dicho coro y otra que da entrada a la torre. Esto hace suponer que la entrada al coro sería desde la izquierda de la iglesia e incluso su acceso podría ser desde el convento. Se puede entender también que la puerta de entrada al coro estaba junto a la de entrada a la torre. Todo el conjunto quedaba enmarcado por un gran cuadro de marco dorado en forma de semicírculo donde se representaba la Pasión de Cristo y que se conserva en la iglesia de San Sebastián.
En los inventarios realizados sobre la Iglesia se nos describe el conjunto de la siguiente forma:
“-Una sillería con 22 sillones, algunos incompletos, un facistol de nogal y un cuadro grande con marco dorado formando semicírculo, representando la Pasión de Cristo.
-Una caja con armazón de Órgano.
-Su órgano corriente con 4 registros, a derecha e izquierda, una sillería de nogal y facistol: en éste se miran 2 puertas, una que entra en dicho coro y otra que da entrada a su magnífica Torre con 4 campanas. “el crédito público se llevó dos campanas y quedan el reloj y un esquilón.”
El paradero de la sillería y del órgano es desconocido. Se apunta a la catedral de Santander, sin embargo se conoce que la sillería de Santander procede del monasterio de San Jerónimo el Real de Madrid. Se abre entonces la posibilidad de que se encuentre en alguna otra iglesia de la ciudad cántabra.
Por otro lado, podemos también apuntar la similitud de la sillería que se encuentra en el altar mayor de la Iglesia de la Inmaculada de Galaroza (Huelva) con aquellas que se realizaron para las iglesias de San Sebastián o Santa María de Estepa. Las ciudades de Estepa y Galaroza deben aclarar todavía cual es su relación y puede estar relacionado con la sillería de la iglesia.