La Orden de Santiago estaba gobernada por su Maestre y dividida en varias provincias, pero las más importantes por sus propiedades y vasallos eran las de Castilla y León. Al frente de cada provincia había un Comendador Mayor, con sede respectivamente en Segura de León (Badajoz) para León y Segura de la Sierra (Jaén) para Castilla. La Provincia de León estaba dividida en dos partidos, Mérida y Llerena. Cada una de ellas con varias encomiendas.
La subdivisión interna más importante de las órdenes militares eran las llamadas encomiendas, que eran unidades de carácter local a cuyo frente se encontraba un comendador. La encomienda podía asentar la sede o residencia del comendador en un castillo o fortaleza o en una villa; era un centro administrativo o económico en el que se cobraban y percibían las rentas de los predios y heredades atribuidas a esa encomienda; era el lugar habitual de residencia del comendador y de algún freire más.
Cada encomienda con sus rentas debía sostener no sólo al comendador y a los otros freires que en ella residían, sino también pagar y armar a un determinado número de lanzas, que debían acudir a los llamamientos de su maestre perfectamente equipados para tomar parte en aquellas acciones militares que quisiera emprender. Todos ellos formaban las mesnada o el ejército de la orden, que respondía a las órdenes de su maestre. Las rentas de las tierras, pastos, industrias, portazgos y derechos de paso, junto con los impuestos y el diezmo constituían los ingresos de que se mantenía la Orden. Se repartían entre rentas de la encomienda respectiva y rentas de la Mesa maestral que financiaban al Maestre de la Orden.
Eclesiásticamente, la Orden estaba dirigida desde sendos prioratos de San Marcos de León para León y de Santiago de Uclés para Castilla. El priorato de Uclés da origen a la provincia de Castilla de la Orden de Santiago, mientras que al de San Marcos corresponde la provincia de León. Originariamente solo había un prior en León pero tras la separación de los reinos, los caballeros de Santiago fueron acogidos en sus estados por Alfonso X, quien les concede en 1174 la villa y castillo de Uclés.
En la provincia de León, al estar muy alejado el convento de San Marcos del grueso de las posesiones santiaguistas en Extremadura, el convento de trasladó primero a Calera de León y luego a Mérida. Finalmente regresó de nuevo a San Marcos de León. Los pueblos y encomiendas de la Orden estaban atendidos por curas presentados por el maestre y colacionados por el prior.
Cada cuatro años, dos visitadores de la Orden acompañados de un vicario, debían realizar una visita de inspección por todas las encomiendas y territorios para comprobar el estado de las propiedades, rentas y gobierno de las posesiones. De estas visitas se levantaba el acta en los llamados “Libros de Visitas”.