La Ermita de San Cristóbal era una de los recintos dedicados al culto cristiano en el cerro o promontorio donde estaba la villa antigua de Estepa. No se sabe con exactitud la fundación de la Ermita de San Cristóbal. El primer dato que se conoce con exactitud es la entrega por parte del consistorio de la ermita y los territorios colindantes a la Orden de San Francisco para que construyesen su iglesia y su convento en torno a ella, sirviendo durante las obras del convento de iglesia y posteriormente como oratorio interior. Algunos historiadores identifican la antigua ermita de San Cristóbal con la sacristía de la iglesia.
En el 1598 ya se tiene constancia de la presencia de los franciscanos en la ciudad de Estepa, y en 1603, tras la bendición del convento de Santa Clara, don Juan Bautista Centurión, marqués de Estepa, se compromete a la construcción de un convento para ellos. Sin embargo, las obras se atrasaron y en 1612 se da cuenta el cabildo secular de que los frailes trataban de irse por no haber podido labrar iglesia y casa donde estar. El muy reverendo padre fray Juan de Montemayor, provincial en Andalucía de la Orden de San Francisco solicitó la ermita para la construcción de la iglesia y del convento franciscano. Los terrenos fueron cedidos por el consistorio con el permiso del vicario licenciado Juan de Padilla. La concesión es de fecha 10 de junio de 1614, autorizada ante Francisco Ruiz, notario apostólico, aunque las obras de la iglesia se iniciaron en 1612. La ermita pasó pues a manos de los frailes pero con la condición de que en el cuerpo de la iglesia habían de hacer un altar y tabernáculo para San Cristóbal y que habían de permitir que los devotos sacasen en procesión la imagen el día del Corpus. Ya en el siglo XVIII con la construcción del retablo barroco la imagen de San Cristóbal fue situada en el ático del retablo, siendo la dedicación del templo y del retablo mayor a Ntra. Sra. de Gracia, que posee camarín propio.
Otros datos importantes que barajamos para situar la construcción de la Ermita de San Cristóbal es el período que comprende entre la conquista de Estepa el 15 de agosto de 1240, la posterior cesión a la Orden de Santiago por el rey don Alonso El Sabio el 29 de Septiembre de 1267 y la compra de la Encomienda de Estepa por don Adam Centurión, banquero genovés, prestamista de Carlos V y padre del primer marqués de Estepa, el 12 de Agosto de 1559. Estos datos nos plantean la duda de situar la ermita como obra de la Orden de Santiago o de los marqueses de Estepa.
Sin embargo, el primer marqués en pisar tierras estepeñas fue Don Juan Bautista Centurión, segundo marqués de Estepa, que tras participar en la conquista de Granada en 1592 decidió contraer nupcias en estas tierras y quedarse en las tierras de su marquesado. La primera gran obra iniciada por este marqués fue el Convento de Santa Clara en 1603, aunque su padre levantó el Convento de los mínimos en 1562. Por otro lado, en un inventario de 1572 se hace referencia al Cerro como de San Cristóbal. Descartamos que la ermita fuera del segundo marqués de Estepa porque ya se conocía los terrenos y el cerro con el nombre de San Cristóbal y pensamos que la construcción de la ermita no sería del interés del primer marqués, don Marcos Centurión, porque no tuvo mucho interés por lo que sucedía en los terrenos de su marquesado.
Los datos nos llevan más a pensar que la Ermita de San Cristóbal tiene su origen durante los años de la Encomienda Santiaguista. Numerosas fueron las empresas que llevó a cabo la Orden en la villa de Estepa, como fueron la restauración de sus murallas, el ensanchamiento de la ciudad hacia la calle Ancha (centro de la ciudad), Coracha (barrio de Santa Ana) y Barrionuevo (Barrio de los Remedios), la conversión de la mezquita en la iglesia gótica de Santa María, la adecuación de los caminos y veredas, y la construcción de varias ermitas cercanas a estos caminos, como fueron la Ermita del Cristo de la Sangre y la Ermita de San Sebastián hacia el norte, y la Ermita de la Vera Cruz hacia la dirección a Sevilla, todas ellas de tamaños más reducidos que las que actualmente existen en su lugar. Algunos historiadores también sitúan la Ermita de Santa Ana o el anterior oratorio dedicado a San José de la Montaña como ermita de origen santiaguista, también situada en la vereda que conducía a Granada. La Ermita de San Cristóbal también estaba situada junto a una de estas veredas que conducían hacia los pueblos cercanos de Gilena y Pedrera y situada extramuros como el resto de las ermitas.
Por otro lado las devociones a las que fueron dedicadas las ermitas son de profundas raíces medievales. Existían dos ermitas dedicas a Crucificados, una dedicada al Cristo de la Sangre (lienzo que se conserva en la Iglesia del Carmen) con la devoción característica al santísimo sacramento en la Edad Media, y la otra al Cristo de la Vera-Cruz, devoción también medieval. La otra ermita fue dedicada a San Sebastián, protector contras las pestes y las epidemias en la Edad Media. La devoción a San Cristóbal es también profundamente medieval y fueron en esos tiempos cuando se levantaron la mayoría de las iglesias dedicadas al santo. San Cristóbal era protector de los transportistas y de los viajeros, de ahí que en toda ciudad se le construyera una ermita, iglesia o capilla para que los viajeros pudieran implorarle su protección antes de realizar su viaje o cuando paraban para descansar. De ahí que pensemos que, aunque no tengamos datos seguros de la construcción de la ermita, se puede considerar como una de las ermitas santiaguistas que fueron construidas en Estepa.