Como es sabido, el expediente formado por el Consejo de Castilla sobre “Reforma, extinción y respectivo arreglo de las Cofradías erigidas en las Provincias y Diócesis
del Reino”, culminado en 1783 con la real resolución de Carlos III, supuso en la práctica la desaparición del modelo de cofradía vigente durante el barroco en Castilla y Andalucía. Para el caso de Estepa, la aplicación práctica de esta disposición significó la desaparición de la mayoría de sus hermandades y cofradías, subsistiendo tan sólo aquellas que consiguieron adaptar sus estatutos a la nueva legislación o se fusionaron con corporaciones permitidas por las autoridades, tales como las sacramentales o de ánimas. Así, la hermandad del Cristo a la Columna subsistió, entre otras razones, por su renovación de los estatutos y la agregación en 1815 a la hermandad sacramental de la parroquia. La de Jesús Nazareno, aunque suprimida en todas sus variantes, fue autorizada de nuevo a partir de 1801, también mediante la reforma de sus estatutos y la fusión con otras corporaciones. Otras cofradías, como la de San Pedro de penitencia, el Dulce Nombre o La Soledad no tuvieron tanta suerte.
El siglo XIX es un periodo un tanto oscuro para la vida de estas corporaciones desde el punto de vista historiográfico, dada la carencia de fuentes. Todo parece indicar que al menos hasta la mitad del siglo las hermandades y cofradías llevaron una existencia lánguida, en parte debido a los acontecimientos políticos vividos en aquella época, que desembocaron en la liquidación del llamado Antiguo Régimen.
No fue hasta el último cuarto de siglo que, al compás de la tranquilidad política que trajo la Restauración, las cofradías estepeñas comenzaron otra vez a tomar cierto auge. Un hecho que pensamos tuvo que ver también en el nuevo desarrollo de estas cofradías fue la desaparición de la vicaría vere nullius de Estepa y su incorporación como arciprestazgo a la archidiócesis hispalense. Sin querer extendernos mucho sobre el particular, hemos de señalar aquí como ya los mandatos de la visita canónica girada a este territorio por un delegado episcopal con vistas a esta incorporación se ocupaban de las cofradías, al ordenar lo siguiente:
Declaramos a los párrocos presidentes de las cofradías o hermandades piadosas que funcionen dentro de sus iglesias parroquiales o sus capillas anexas, y les encargamos se cercioren si dichas instituciones están congregadas o aprobadas sus reglas por la autorización in scriptis de los señores Vicarios Generales de esta villa, advirtiendo a los cofrades o hermanos la obligación que tienen, en caso negativo, de cumplir con este requisito canónico con el Prelado ordinario para ser reconocidas sus congregaciones por el mencionado Sr. Diocesano, sobre lo que darán cuenta oficial a su Sr. Secretario de Cámara.
Una de las cofradías que sabemos se aprestó a cumplir con el precepto anterior fue la de La Soledad que en aquel mismo año presentó unos nuevos estatutos para su aprobación por el nuevo ordinario. Sin embargo, este empuje no duró mucho en el tiempo, pues consta que en febrero de 1890 la cofradía tuvo que reorganizarse de nuevo a instancia del párroco de San Sebastián, don Juan Fuentes del Río, según nos informa el periódico local El Eco de Estepa en su nº 380 de 1 de marzo de aquel año. Por otra parte, de la hermandad de San Pedro en este siglo sólo sabemos que existió un intento para su reorganización llevado a cabo, como nos informa el periódico en su nº 127 de 25 de abril de 1885, por “varias personas piadosas de esta localidad”. Según parece, aunque este intento no tuvo el final deseado, la devoción al santo sí que siguió existiendo, pues años después el mismo periódico anunciaba el 29 de junio de 1889 la celebración de una función religiosa en honor a San Pedro en la que habría “sermón y misa con acompañamiento de la capilla de música”.