La ermita se encuentra localizada en el extremo oeste de la localidad, y es la más humilde de las que tiene Estepa.
Antiguamente existían en las calles pequeños retablos, que disfrutaban desde el primer momento de la confianza del pueblo y a los que se les atribuía una acción de protección directa al entorno en el que estaban, la casa o la calle donde se encontraban. Éste fue el origen de la Ermita de San Marcos al existir un cuadro con la estampa de San Marcos en un nicho cercano a una cruz en lo alto del Risco.
Una devota del Santo de nombre Francisca Arias, más conocida como la Chinina, consiguió en 1845 levantar este pequeño oratorio, aunque el proyecto data de 1840. Se celebró la primera misa cantada el día del Santo, año de 1848, siendo vicario general de esta villa el ilustrísimo señor don Salvador de los Reyes, quien la bendijo. La autorización para decir misa en aquella capilla data de 30 de diciembre de 1847 y fue concedida por don Salvador de los Reyes, decretando instancia de Francisca Arias, la Chinina. Con la misma fecha se otorgó la colocación del Vía-crucis, efectuada en 23 de febrero de 1848 por el presbítero don Juan Fernández, ex-guardián del convento de san Francisco.
La devoción a San Marcos se encuentra arraigada en la comarca, y más concretamente en la zona que perteneció al Maestrazgo de la Orden de Santiago, ya que ésta dependía eclesiásticamente de San Marcos de León. La festividad de San Marcos se sigue celebrando el 25 de abril en numerosos pueblos de la comarca como Casariche o Lora. En Estepa se ha celebrado en años anteriores una velá en honor a San Marcos.
La fachada es rectangular, enlucida y pintada de color amarillo, adornada con ladrillo visto que enmarca las puertas y el zócalo de la ermita. Posee una espadaña que tiene dos arcos. Según recoge Aguilar y Cano, la campana es donación de los Fernández de Córdoba, y según cuentan, fue traída de Méjico por uno de la familia que la conservaba como recuerdo por haber sido tomada en el asalto de una fortaleza por uno de sus parientes, que fue virrey en aquellas tierras. El conjunto se encuentra rematado por una veleta del antiguo molino que existía en uno de los extremos de la Plaza del Llanete.
La ermita es de planta rectangular, cubierta por un zócalo de piedra blanca. Preside la ermita una hornacina central con una imagen de San Marcos de pequeñas dimensiones. En el lado del Evangelio se encuentra la imagen de San Esteban, de reducidas dimensiones, que fue donada por los Fernández de Córdoba y procedente de la capilla que en su casa de placer, en Lora, tuvo Don Juan de Córdoba y Centurión. También se encuentra en este lado diversos cuadros y pinturas representando al Corazón de María, La Dolorosa y el Corazón de Jesús. En el lado de la Epístola se encuentra una imagen de San Francisco y pinturas de la Trinidad, Virgen del Carmen y Virgen con el Niño. En la pequeña sacristía encontramos un estante con una colección de antiguos cetros de madera que recuerdan el glorioso pasado que esta hermandad tuvo a principios del siglo XX. Se observa también dentro de los enseres, una cuidada bandera de la hermandad, en tela de damasco rojo y blanco.
Tiene una interesante pila de agua bendita con la forma de una venera, de jaspe rojo y de pequeñas dimensiones. Posee un pequeño altar de piedra de obra moderna, donde se encuentran unos candelabros plateados, procedentes de un desaparecido convento de Ronda, donde se representan las imágenes de Jesús, la Virgen y San Pedro.
La Ermita ha sido restaurada en dos ocasiones, en 1925 y 1994.
