El 10 de Junio de 2001, el Arzobispo de Sevilla, D. Carlos Amigo Vallejo, y el Alcalde-Presidente de Estepa, D. Juan García Baena, llevaron a cabo en la iglesia del convento de Santa Clara de Estepa la firma del un convenio de colaboración para la mejora, conservación y explotación del patrimonio monumental de la ciudad.Este acuerdo compromete a las partes a “llevar a cabo un programa plurianual de restauración, conservación y mantenimiento del patrimonio arquitectónico de la ciudad de Estepa”, labores éstas que serán realizadas según las directrices que marque el Instituto Andaluz de Patrimonio Histórico, encargado también de supervisar los trabajos, que deberán también contar con la supervisión del Departamento de Patrimonio del Arzobispado de Sevilla cuando se trate de bienes pertenecientes a la iglesia Católica. Así mismo, las iglesias y templos de Estepa abrirán sus puertas para que puedan ser visitados por los ciudadanos así como para la realización de actividades de carácter cultural que estén relacionadas fundamentalmente con la investigación científica.
De esta forma, se ha llevado a cabo hasta la fecha la restauración de iglesia parroquial de Santa María La Mayor y Matriz, la iglesia parroquial de San Sebastián, la iglesia de San Isidro Labrador en la aldea de La Salada, la Ermita de Santa Ana, la limpieza de las fachadas de la Iglesia del Carmen y de la Asunción, la substitución de la techumbre de la iglesia de la Asunción y de Santa Clara, la solería de la iglesia de Ntra. Sra. de Gracia (San Francisco), las imágenes de San Francisco y de San Juan Evangelista. En proyecto está también la restauración del retablo mayor de Santa María por el I.A.P.H, la iglesia del Carmen y diversos proyectos en el Convento de Santa Clara.