La reapertura de la iglesia ha supuesto poner en valor el patrimonio que alberga y que en su mayor parte formó parte del Museo de Arte Sacro. Arquitectura, pintura, escultura y orfebrería forman parte de la visita que se podrá realizar a la iglesia.
La primitiva iglesia cristiana gótico-mudéjar fue construida en torno al siglo XIV sobre los restos de la antigua mezquita. De esta última perviven la puerta de la entrada a la sala de oraciones y vestigios del muro de la qibla. En esta parte se encuentra la capilla del bautismo y su pila bautismal, obra del siglo XIV y con decoración alusiva a la Orden de Santiago, además del lienzo que preside el retablo con el tema del Bautismo de Jesús, firmada por el pintor Manuel Cabral en 1884.
La iglesia mayor del conjunto arquitectónico de Santa María es de estilo gótico tardío, cuyas obras, promovidas por la Orden de Santiago, comenzaron a principios del siglo XVI, aunque no llegaron a terminarse. A medida que se iba construyendo la iglesia mayor se iban demoliendo los muros de la iglesia mudéjar, pero como el proceso nunca terminó, la zona de unión entre ambas, situada tras el coro, quedó enquistada en la planta del conjunto arquitectónico. Hasta que en el siglo XVII se acondicionó para comunicar los dos ámbitos. De la ornamentación de los distintos espacios de la iglesia se encargó el marquesado de Estepa: el magnífico retablo mayor de finales del siglo XVI obra del escultor Andrés de Ocampo de estilo manierista, enmascarado por la redecoración barroca sufrida en el siglo XVIII; los retablos colaterales de San Juan y San Pedro, de estilo rococó, obras del siglo XVIII, presididos respectivamente por las esculturas de San Juan Evangelista, atribuida a Juan de Mesa, y San Pedro del escultor Lázaro Pérez Castellanos, ambas del siglo XVIII; en las naves laterales los retablos del Rosario y de la Inmaculada, situados sobre antiguas capillas a finales del siglo XVIII; el púlpito tallado de jaspes rojos, blancos y negros, salido de los talleres de cantería que hubo en Estepa en el siglo XVIII; el coro, de madera de nogal, obra de Juan José Cañero, artista ecijano que la realizó en 1740; el órgano de 1765, obra del organista cordobés Patricio Furriel. La última estancia es el conjunto que forman varias sacristías, de la época de construcción del edificio y la ampliación de época barroca.
Dentro de las piezas de orfebrería destaca el relicario del Lignum Crucis bizantino del siglo XII, la Cruz parroquial del siglo XVI y diversas piezas funcionales que se empleaban en la liturgia y adornaban los altares como ostensorios, cálices, cruces, sacras, casullas. En el acondicionamiento del templo se han recuperado además varias lámparas del siglo XVI de cristal de La Granja, lienzos que no se habían mostrado anteriormente y el antiguo púlpito de la desaparecida Iglesia de la Concepción que se usará como ambón. El preciado Señor de los Señores, imagen antigua que se veneraba en la iglesia de los Remedios, o el San Pablo Ermitaño de la ermita de San Antonio Abad volverán al culto. La antigua Virgen de la Paz ocupará el retablo que el Stmo. Cristo de la Humildad y Paciencia tuvo en la iglesia y la Virgen del Rosario recupera el Niño Jesús.
La Iglesia de Santa María la Mayor y Matriz de Estepa se cree que fue el primer templo edificado en Estepa, en el interior de su recinto amurallado, construida sobre la base de una anterior mezquita de tiempos de la dominación árabe. La iglesia fue sede de la Cofradía del Dulce Nombre desde 1590 y de la Cofradía de la Esclavitud de Ntra. Sra. de la Paz, fusionada con la anterior en 1667, hasta que abandonaron el edificio por su estado ruinoso en la década de 1970. Fue sede de la Vicaría de Estepa, de la Hermandad del Rosario desde 1598 a 1684 y de la Hermandad de sacerdotes de San Pedro, que impulsaron el juramento de Estepa a la Inmaculada Concepción de María en 1651 en esta iglesia. Debido al despoblamiento del Cerro de San Cristóbal y a la creación de nuevos barrios en su ladera, la iglesia cedió parte de su administración parroquial a la iglesia de los Remedios en 1779. Tras la desaparición de la Vicaría de Estepa y los acontecimientos del siglo XX la iglesia se encontraba en estado ruinoso, por lo que fue cerrada al culto. En enero de 2007, se dieron por finalizados los trabajos de restauración y rehabilitación del edificio que había realizado la Escuela Taller “Rehabilitación de la Iglesia de Santa María” en tres fases, con módulos de albañilería, carpintería de madera, carpintería metálica-forja y restauración. Desde mayo de 2007 la iglesia había albergado exposiciones temporales y el Museo de Arte Sacro, permitiendo de nuevo el acceso público a la iglesia.
La reapertura al culto el 25 de diciembre de 2015 supone recuperar la función para la que fue construida, así como ser uno de los museos más destacados de la comarca. La reapertura ha sido posible gracias a la labor realizada por el párroco D. Ginés González y al grupo de feligreses que ha colaborado en las tareas de adecuación y restauración.
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