San Marcos era judío de Jerusalén. Es considerado tradicionalmente el autor del Evangelio de Marcos y el fundador y primer obispo de la Iglesia de Alejandría.
Se le cita por primera vez cuando Simón Pedro, milagrosamente liberado de la cárcel, se refugia en casa de María, madre de "Juan, por sobrenombre Marcos". Acompañó a Pablo de Tarso y a Bernabé en el primer viaje de Pablo a Antioquía, pero se separó de ellos cuando llegaron a Panfilia (Perga), regresando a Jerusalén. Cuando Pablo iba a iniciar su segundo viaje, tuvo una grave disputa con Bernabé a propósito de "Juan, llamado Marcos": Bernabé quería que fuese con ellos, pero Pablo se negaba, ya que les había abandonado en el viaje anterior. Bernabé se enojó tanto que rompió su asociación misionera con San Pablo y se fue a Chipre con Marcos. Se dice de él que es primo, o sobrino, de Bernabé, lo que podría explicar que éste disputase con Pablo acerca de Marcos.
Pedro tenía un gran cariño a Marcos, llamándolo “mi hijo Marcos” y le acompañó a Roma. Fue discípulo de San Pedro e intérprete del mismo en su Evangelio, el segundo Evangelio canónico (el primero en escribirse). Marcos es considerado por la tradición cristiana el autor del evangelio que lleva su nombre. Puesto que él no fue discípulo directo de Jesús, basó su relato -siempre según la tradición- en las enseñanzas de Pedro. El autor más antiguo que asignó a Marcos la autoría de este evangelio fue Papías de Hierápolis, en la primera mitad del siglo II, en un testimonio citado por Eusebio de Cesarea:
«y el anciano decía lo siguiente: Marcos, que fue intérprete de Pedro, escribió con exactitud todo lo que recordaba, pero no en orden de lo que el Señor dijo e hizo. Porque él no oyó ni siguió personalmente al Señor, sino, como dije, después a Pedro. Éste llevaba a cabo sus enseñanzas de acuerdo con las necesidades, pero no como quien va ordenando las palabras del Señor, más de modo que Marcos no se equivocó en absoluto cuando escribía ciertas cosas como las tenía en su memoria. Porque todo su empeño lo puso en no olvidar nada de lo que escuchó y en no escribir nada falso». (Eusebio, Hist. Ecl. iii. 39).
San Marcos escribió en griego con palabras sencillas y fuertes. Por su terminología se entiende que su audiencia era cristiana. Su Evangelio contiene historia y teología. Se debate la fecha en que lo escribió, quizás fue en la década 60-70 AD.
Según la tradición, Marcos predicó el evangelio en Alejandría, donde realizó varios milagros y estableció su famosa escuela cristiana, una iglesia, nombrando un obispo, tres presbíteros y siete diáconos. También se cree que fue martirizado allí hacia el año 68, y que sus asesinos trataron de quemar su cuerpo, sin conseguirlo. Los cristianos de Alejandría rescataron su cuerpo intacto, lo envolvieron y le dieron sepultura en la parte oriental de la iglesia que habían construido. En 828, las reliquias atribuidas a San Marcos fueron sacadas de Alejandría por navegantes italianos, que las trasladaron a Venecia, donde se conservan en la Basílica de San Marcos, construida expresamente para albergar sus restos. Los coptos creen que la cabeza del santo quedó en Alejandría. Cada año, la Iglesia Copta conmemora la consagración de la iglesia de San Marcos, y la aparición de la cabeza del santo en la iglesia.
Se asocia a San Marcos con el león porque su Evangelio empieza hablando del desierto, y el león era considerado el rey del desierto y porque su Evangelio empieza hablando del río Jordán y a sus alrededores había muchas fieras, entre ellas el león. También se dice que es el león porque en su Evangelio comienza hablando de Juan el Bautista como "Voz que clama en el desierto", voz que sería como la de un león.
La Iglesia católica celebra su fiesta el 25 de abril.